Los Hermanos de San Juan de Dios, también conocidos como Juaninos o Hermanos Hospitalarios, surgieron en la Iglesia tras la muerte de San Juan de Dios (1492-1550). Rápidamente, aquellos que le acompañaron en su misión recibieron el apoyo del Rey Felipe II y, bajo el Papa San Pío V, se constituyó oficialmente la Congregación Religioso-Hospitalaria de los Hermanos de San Juan de Dios mediante la Bula Salvatoris nostri (1571) y la Licet ex debito (1572), concediéndoles un hábito propio. En 1586, el Papa Sixto V elevó la congregación a una Orden Regular, convirtiéndola en la primera Orden Religiosa laical en la historia de la Iglesia.

En febrero de 1568, quince años después de la muerte de Juan de Dios, los Hermanos llegaron al Virreinato de la Nueva España, que abarcaba desde México hasta Venezuela, incluyendo varios países de América Latina y el Caribe. En 1595, el Rey Felipe II autorizó la fundación de hospitales en América. La Congregación Española estableció hospitales en Cartagena de Indias (1595) y La Habana, Cuba (1603), formando la Provincia del Espíritu Santo en México, con un enfoque en atender las necesidades físicas inmediatas de los más pobres.

Desde México, los Hermanos llegaron a Honduras por primera vez en 1604, donde establecieron pequeñas boticas anexas a los conventos. Estas boticas se hicieron famosas en lugares como Trujillo, Comayagua, San Jorge (Juticalpa) y Ojojona.

A finales del siglo XVII, la Congregación Española tenía en funcionamiento varias provincias en América y Europa, contando con 117 hospitales, 3400 camas y 1100 hermanos que atendían a unos 40,300 enfermos al año. En 1650, se construyó un hospital en Santa María de Comayagua, inicialmente llamado Hospital de los Remedios, y los Hermanos de San Juan de Dios se hicieron cargo en 1662. El hospital, bajo la dirección del Obispo Fray Antonio de Guadalupe, se amplió a 20 camas y se construyó la capilla "La Caridad". A pesar de sufrir daños en el terremoto de 1778, fue remodelado y llegó a tener 36 camas.

La nueva etapa de la Orden en Honduras comenzó el 3 de febrero del año 2000, cuando un grupo de hermanos de la Provincia de México y América Central, liderados por el hermano Félix Gómez Barabata, llegaron a San Pedro Sula por invitación de Monseñor Ángel Garachana Pérez. Los hermanos se establecieron en la Colonia Aurora, donde visitaban a los enfermos y colaboraban en el Dispensario Médico de la colonia, conocido como San Juan de Dios.

En 2004, los hermanos identificaron la necesidad de atención en salud mental y comenzaron a planear la construcción de un hospital. Con el apoyo de organizaciones no gubernamentales de España y el gobierno municipal de San Pedro Sula, se construyó el Hospital San Juan de Dios, inaugurado en 2007. En 2008, el hospital comenzó a funcionar como un Centro Comunitario de Salud Mental y, para 2009, contaba con servicios de psiquiatría, psicología, trabajo social, enfermería y farmacia.

En 2016, el gobierno de Honduras, a través de la Secretaría de Salud, firmó un convenio con la Orden Hospitalaria para la prestación de servicios de salud mental. Hoy, el Hospital San Juan de Dios es el tercer hospital de salud mental de Honduras y el único de carácter privado que trabaja en convenio con el Estado. Atendiendo a más de 200 personas al día y realizando unas 2000 consultas mensuales, ha beneficiado a más de 65,000 personas a lo largo de su historia.

La Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, una institución de la Iglesia Católica de carácter benéfico social, seguirá trabajando en Honduras con esperanza y compromiso, procurando hacer el bien con los mejores estándares de calidad y calidez posibles, como lo ha hecho durante los últimos 25 años.